La función de dirección de la investigación recae sobre el Consejo de Investigación, encargado de velar por el establecimiento de la Agenda de Investigación quinquenal, asegurar los recursos necesarios para su desarrollo y evaluar los resultados del trabajo desarrollado.
Dicho Consejo está conformado por: el Rector, el Vicerrector Académico, el Vicerrector de Ciencia y Tecnología, un representante de las Facultades, un representante de los Institutos o Centros de Investigación, y el Coordinador de Investigación. El Rector es el presidente del Consejo mientras que el Coordinador de Investigación es el secretario y responsable de dar seguimiento a los proyectos de investigación a través de un módulo de proyectos institucionales.
Los proyectos de investigación son propuestos, gestionados y respaldados por las unidades académicas, los institutos o los centros de investigación, quienes son los responsables de asegurar los recursos necesarios, asegurar la calidad de las investigaciones, dar cuenta de sus resultados y asegurar la transferencia de los conocimientos y avances obtenidos a la sociedad.
En cuanto a la infraestructura tecnológica, la UDB cuenta con las instalaciones y laboratorios de la Vicerrectoría de Ciencia y Tecnología, que incluye: el Instituto de Investigación en Energía, el Instituto de Investigación e Innovación en Electrónica, el Centro de Tecnologías de la Información y Comunicación, y el Centro de Innovación en Diseño Industrial y Manufactura, utilizados para investigación del área de las ingenierías. En la Vicerrectoría Académica se encuentra el Instituto de Investigación y Formación Pedagógica, el Centro de Investigación en Pedagogía y Espiritualidad Salesiana (CIPES) y la Dirección de Emprendimiento e Innovación (DEI).