El gobierno de la Universidad es ejercido por el Consejo Directivo, el Consejo Académico y el Rector, quien es su representante legal.
El Consejo Directivo está compuesto por siete miembros, siendo el Presidente del mismo el superior de los Salesianos de Don Bosco en Centroamérica, Pbro. Julio Andrés Navarro Mora, sdb; el vicepresidente Pbro. Mariano José Miranda Ñurinda, sdb, Director General de Ciudadela Don Bosco; secretario Dr. Mario Rafael Olmos Argueta, sdb, Rector de la Universidad Don Bosco. Miembros directores: Pbro. Edward de la O, sdb; Sr. José Luis Montalvo Garcés; Lic. Ricardo Antonio Chávez Caparroso; Dra. Abigail Castro de Pérez.
De izquierda a derecha: Pbro. Edward de la O, sdb; Sr. José Luis Montalvo Garcés, Pbro. Mariano José Miranda Ñurinda, sdb; Pbro. Julio Andrés Navarro Mora, sdb; Dr. Mario Rafael Olmos Argueta, sdb; Lic. Ricardo Antonio Chávez Caparroso, Dra. Abigail Castro de Pérez.
El Consejo Académico es un organismo colegiado que tiene a su cargo el estudio y planeación de las políticas educativas de la Universidad, así como la coordinación y supervisión de todas las actividades académicas. Está compuesto por el Rector, el Vicerrector Académico, el Vicerrector de Ciencia y Tecnología, Vicerrectoría de Gestión Institucional, el Director de Administración y Finanzas, la Secretaria General, los Decanos de las Facultades, el Director del Departamento de Administración Académica y la Directora del Departamento de Ciencias Básicas.
A nivel gerencial, la Rectoría cuenta con el apoyo de cinco unidades: la Secretaría General, la Vicerrectoría Académica, la Vicerrectoría de Ciencia y Tecnología, la Vicerrectoría de Gestión Institucional y la Dirección de Administración y Finanzas; cada una de las cuales posee departamentos que brindan el apoyo técnico y administrativo.
