La Facultad de Aeronáutica fue creada en el año 2012 producto de un amplio recorrido institucional en la formación de profesionales en el área Aeronáutica.
Desde 2005, la UDB fue certificada por la Autoridad de Aviación Civil de El Salvador (AAC) como Organización de Instrucción de Mantenimiento Aeronáutico e imparte la carrera de Técnico en Mantenimiento Aeronáutico (TMA), como fruto de la apuesta institucional innovadora por ofrecer carreras especializadas con un enfoque estratégico para el país y la región.
Fue en ese año que se creó el Departamento de Aeronáutica, con el fin de administrar dicho programa académico, que, a la fecha, es la única carrera de educación superior especializada en mantenimiento aeronáutico en el país.
A lo largo de los años se ha mantenido una estrecha vinculación con empresas e instituciones del sector aeronáutico a nivel nacional e internacional; con las cuales se realizan iniciativas para impulsar el desarrollo de la aeronáutica en el país. Prueba de ello es que, en 2008, a fin de ampliar la oferta formativa en el área, se implementaron los Cursos de Mantenimiento Aeronáutico (CMA) en las especialidades de Estructuras y Compuestos e Interiores.
En 2014, se crea la Ingeniería en Aeronáutica, ampliando la oferta académica y confirmando la apuesta Institucional innovadora de la UDB.