El gobierno de la Universidad es ejercido por el Consejo Directivo, el Consejo Académico y el Rector, quien es su representante legal.
El Consejo Directivo está compuesto por siete miembros, siendo el Presidente del mismo el superior de los Salesianos de Don Bosco en Centroamérica y miembros directores: el Rector de la Universidad, algunos miembros de la congregación salesiana y prominentes personalidades de la vida económica y social del país.
El Consejo Académico es un organismo colegiado que tiene a su cargo el estudio y planeación de las políticas educativas de la Universidad, así como la coordinación y supervisión de todas las actividades académicas. Está compuesto por el Rector, el Vicerrector Académico, el Vicerrector de Ciencia y Tecnología, el Director Administrativo Financiero, la Secretaria General, los Decanos de las Facultades, el Director del Departamento de Administración Académica y la Directora del Departamento de Ciencias Básicas.
A nivel gerencial, la Rectoría cuenta con el apoyo de cuatro unidades: la Secretaría General, la Vicerrectoría Académica, la Vicerrectoría de Ciencia y Tecnología y la Dirección Administrativa Financiera; cada una de las cuales posee departamentos que brindan el apoyo técnico y administrativo.