Corría la década de 1980 y El Salvador enfrentaba una difícil situación social y educativa. En este contexto, un grupo de salesianos visionarios deciden fundar una institución superior con los rasgos característicos de la obra salesiana: innovación, calidad y el carisma de Don Bosco enfocado en los jóvenes.
La Universidad Don Bosco fue creada el 8 de marzo de 1984, por impulso de monseñor José Carmen Di Pietro, primer Obispo de Sonsonate; monseñor Pedro Arnoldo Aparicio, Obispo de San Vicente y de los padres Giuseppe Coró, Settimo Rossoni, Alfonso Evertsz, Salvador Cafarelli y Pierre Muyshondt; que junto a laicos como el Dr. Rafael Flores y Flores, la Dra. Celina de Cañas y el Lic. Gilberto Aguilar Avilés, primer rector, crearon la parte jurídico-estructural de la Universidad.
El 14 de enero de 1986 iniciaron las clases con alumnos de ingeniería y humanidades. Los primeros años de la UDB se desarrollaron en el Instituto Filosófico Internacional Don Rúa, en la Escuela Domingo Savio y en el Instituto Técnico Ricaldone, en San Salvador.
En 1986 un terremoto afectó varias obras salesianas dando vida a la idea de la Ciudadela Don Bosco, en Soyapango, cuya ubicación fue producto de la reflexión a la luz del carisma salesiano de optar por un sector popular para la promoción de sus habitantes.
La sociedad salvadoreña recibió los primeros profesionales UDB en 1990: un grupo de profesores en teología pastoral y, el 23 de noviembre de 1991, a los primeros graduados de ingeniería, de educación así como diplomados en las ramas tecnológicas de electrónica, mecánica y computación.
Para 1992, daría inicio el año académico en el nuevo campus con los primeros edificios de aulas, la biblioteca y el Centro de Investigación y Transferencia de Tecnología (CITT).
El 16 de febrero de 2007 fue inaugurado el campus Antiguo Cuscatlán, con el fín de acercar los servicios educativos de calidad a una población del sector productivo que le era más difícil trasladarse al campus en Soyapango. En principio, acogió la oferta de maestrías que fue surgiendo desde el año 2000; actualmente, en dicho campus se imparten también diplomados especializados, cursos y certificaciones de idiomas así como carreras de grado.
La Universidad brinda programas a nivel de grado (32 especializaciones entre ingenierías, licenciaturas, técnicos y profesorados; distribuidas en cinco Facultades y 9 de estos programas impartidos también en modalidad a distancia a través de la UDB Virtual, creada en 2019). Además, ofrece nueve maestrías y tres doctorados.
La UDB fue la primera universidad acreditada a nivel nacional en el año 2001, y la primera en re-acreditarse en 2006, 2011 y 2017. Una de sus apuestas estratégicas es la acreditación de programas a través de procesos de autoevaluación y reflexión interna con base en parámetros regionales e internacionales.
Posee una población anual promedio que oscila entre 8,500 a 9,000 estudiantes en los diversos programas. Mantiene fuertes vínculos con el sector productivo y la sociedad, a través de programas de transferencia de tecnología, cursos de educación continua, servicios de consultoría para compañías, investigación y proyección social.
La Universidad Don Bosco es miembro de las Instituciones Salesianas de Educación Superior (IUS), una red de más de 80 instituciones promovidas por la Congregación Salesiana, repartidas en los diversos continentes y regiones: América, Europa, África, Asia Sur y Asia Este-Oceanía y de la Organización de Universidades Católicas de América Latina y el Caribe, ODUCAL.